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Wei Ding blog

 
 
 
 
 
 

Ipcas 更新日志

2017-12-13 21:27:28 阅读9 评论0 132017/12 Dec13

2017-12-13
1.2.07:加入pdb merge功能;加入安装过程中选择是否覆盖原文件;加入每一轮迭代利用前一轮的pdb
1.2.08:加入phase merge功能,加入pdbmerge之后进行phaser的功能。
1.2.09:加入Placed/Built ratio显示。修改phasesmerge算法,速度提高10倍以上。取消sca的input
1.2.10:
(1)修改了ipcas.tcl将Partial structure里头的Do molecular replacement of each partial structure放在superpose all of partial structures前面。表示先对所有Partial model做phaser或者rigidbody_refine,然后再做superpose或/和merge。

作者  | 2017-12-13 21:27:28 | 阅读(9) |评论(0) | 阅读全文>>

linux sort 多字段排序(转载)

2017-10-9 20:43:14 阅读24 评论0 92017/10 Oct9

http://blog.chinaunix.net/uid-25504049-id-3075909.html
Linux多数发行版自带的sort程序,非常强大,在此只说多字段排序
sort 有个参数-k,可以指定字段,有比较复杂的语法,不在文本范围内。

一下为一段数据(从基因中得到,仅仅作为demo),文件名为 data

  1. chr13 3008566 3008677
  2. chr9 3024384 3024515
  3. chr19 3157071 3157172
  4. chr5 3236386 3236476
  5. chr13 3041044 3041191

作者  | 2017-10-9 20:43:14 | 阅读(24) |评论(0) | 阅读全文>>

如何用awk实现显示第二个字段到最后一个字段(转载)

2017-9-25 11:38:20 阅读22 评论0 252017/09 Sept25

https://zhidao.baidu.com/question/1303154975762749779.html
echo "1 2 3 4 5" awk '{$1="";sub(" ", "");print}'       
2 3 4 5

 sub只替换第一个匹配的字符串。

sub(" ", "") 去除第一个空格。

作者  | 2017-9-25 11:38:20 | 阅读(22) |评论(0) | 阅读全文>>

linux查看匹配内容的前后几行 (转载)

2017-9-11 15:55:00 阅读25 评论0 112017/09 Sept11

http://blog.csdn.net/jbgtwang/article/details/41900785
linux系统中,利用grep打印匹配的上下几行
 
如果在只是想匹配模式的上下几行,grep可以实现。
 
$grep -5 'parttern' inputfile //打印匹配行的前后5行
 
$grep -C 5 'parttern' inputfile //打印匹配行的前后5行
 
$grep -A 5 'parttern' inputfile //打印匹配行的后5行
 

$grep -B 5 'parttern' inputfile //打印匹配行的前5行

作者  | 2017-9-11 15:55:00 | 阅读(25) |评论(0) | 阅读全文>>

怎么在文件中每行后面添加行数号(shell命令) (转载)

2017-8-14 17:38:12 阅读36 评论0 142017/08 Aug14


http://www.gan-ren.com/hr_fbgchdvtc.htm

怎么在文件中每行后面添加行数号(shell命令)

RT,一个文件中有多行,在每行后面添加一个行号,shell命令,谢谢

用awk,一条命令就可以搞定:
awk '{print $0" "FNR}' file.txt >result.txt其中,$0表示当前处理的文件行内容,FNR表示当前处理的文件行行号。
结果存在result.txt中。

为拓展思路,下面用一个不同的方法:穿发扁菏壮孤憋酞铂喀
用sed得到每行行号,存入一个tmp文件,然后用paste合并这两个行数相同的文件就得到了。
假设你的原始文件名称为file.txt。
#!/bin/shsed -n '=' file.txt >tmppaste file.txt tmp >result.txtrm -f tmp

作者  | 2017-8-14 17:38:12 | 阅读(36) |评论(0) | 阅读全文>>

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