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日志

 
 

如何快速修正pdb中突变后的残基  

2011-07-11 10:07:24|  分类: ccp4 |  标签: |举报 |字号 订阅

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一:利用pdbset生成pdb对应的seq。(命令如下)
pdbset xyzin 2010-05-HOME-pro_refine_8.pdb << eof-1
sequence SINGLE
eof-1
例如:可以产生如下seq
>chain_A
 TSLRDLIPKH KFDNSTIDQL CKLIDNEIEP IIFDLLKWLQ DYNWPIAKDI LPVVVLHQSI
 AMPHILTILQ GNDIMWKYWV IKLMIPYLIY PNKQLVKSEL ERLSSLEIIN EDIREIVNLS
 KDSLHFTI
>chain_B
 TSLRDLIPKH KFDNSTIDQL CKLIDNEIEP IIFDLLKWLQ DYNWPIAKDI LPVVVLHQSI
 AMPHILTILQ GNDIMWKYWV IKLMIPYLIY PNKQLVKSEL ERLSSLEIIN EDIREIVNLS
 KDSLHFTI

二:找到正确的seq文件。假设如下:
>cc.data

MTSLRDLIPK HKFDNSTIDQ LCKLIDNEIE PIIFDLLKWL QDYNWPIAKD ILPVVVLHQS
IAMPHILTIL QGNDIMWKYW VIKLMIPYLI YPNKQLVKSE LERLSSLEII NEDIREIVNL
SKDYLHFYYP

三:利用ClustalW2 - Multiple Sequence Alignment进行序列比对
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/
>chain_A
 TSLRDLIPKH KFDNSTIDQL CKLIDNEIEP IIFDLLKWLQ DYNWPIAKDI LPVVVLHQSI
 AMPHILTILQ GNDIMWKYWV IKLMIPYLIY PNKQLVKSEL ERLSSLEIIN EDIREIVNLS
 KDSLHFTI
>cc.data
MTSLRDLIPKHKFDNSTIDQLCKLIDNEIEPIIFDLLKWLQDYNWPIAKDILPVVVLHQSIAMPHILTILQGNDIMWKYWVIKLMIPYLIYPNKQLVKSELERLSSLEIINEDIREIVNLSKDSLHFTIPDKHN
这将得到如下结果
CLUSTAL 2.1 multiple sequence alignment


chain_A -TSLRDLIPKHKFDNSTIDQLCKLIDNEIEPIIFDLLKWLQDYNWPIAKDILPVVVLHQS 59
cc.data MTSLRDLIPKHKFDNSTIDQLCKLIDNEIEPIIFDLLKWLQDYNWPIAKDILPVVVLHQS 60
***********************************************************

chain_A IAMPHILTILQGNDIMWKYWVIKLMIPYLIYPNKQLVKSELERLSSLEIINEDIREIVNL 119
cc.data IAMPHILTILQGNDIMWKYWVIKLMIPYLIYPNKQLVKSELERLSSLEIINEDIREIVNL 120
************************************************************

chain_A SKDSLHFTI----- 128
cc.data SKDSLHFTIPDKHN 134
*********
四:将该文件下载
利用chainsaw对pdb文件进行修改。脚本如下
chainsaw xyzin 2010-05-HOME-pro_refine_8.pdb alignin seq.aln xyzout test_chainsaw.pdb <<eof
END
eof
就ok了,用修改后的pdb文件的seq再进行aln发现

CLUSTAL 2.1 multiple sequence alignment


cc.data MTSLRDLIPKHKFDNSTIDQLCKLIDNEIEPIIFDLLKWLQDYNWPIAKDILPVVVLHQS 60
chain_B -TSLRDLIPKHKFDNSTIDQLCKLIDNEIEPIIFDLLKWLQDYNWPIAKDILPVVVLHQS 59
chain_A -TSLRDLIPKHKFDNSTIDQLCKLIDNEIEPIIFDLLKWLQDYNWPIAKDILPVVVLHQS 59
***********************************************************

cc.data IAMPHILTILQGNDIMWKYWVIKLMIPYLIYPNKQLVKSELERLSSLEIINEDIREIVNL 120
chain_B IAMPHILTILQGNDIMWKYWVIKLMIPYLIYPNKQLVKSELERLSSLEIINEDIREIVNL 119
chain_A IAMPHILTILQGNDIMWKYWVIKLMIPYLIYPNKQLVKSELERLSSLEIINEDIREIVNL 119
************************************************************

cc.data SKDSLHFTIPDKHN 134
chain_B SKDSLHFTI----- 128
chain_A SKDSLHFTI----- 128
*********
果然已经改过来了。Yeah!
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