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Wei Ding blog

 
 
 

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xmipp3.0在利用openmpi进行作业提交时遇到的问题  

2014-01-15 16:13:38|  分类: EM |  标签: |举报 |字号 订阅

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硬件:共有节点7,每个节点12核。
要运行程序:cl2d。

很奇怪,xmipp3.0进行作业提交的时候,只有一个选项:
Number of MPI processes

如果你把它理解成节点数目(Number of MPI processes=7),那么在它的脚本
cl2d_run_001.py中会有这么一行:
NumberOfMpi = 7.
这样的话,不管前面:
cl2d_run_001.job里头怎么写,如
#PBS -l nodes=7:ppn=12
最后提交到节点的任务总数还是7个,也就是说,一个节点一个作业。

如果你它理解成线程数目(最大是7*12=84),那么在它的脚本
cl2d_run_001.py中这行变为:(貌似是对的)
NumberOfMpi = 84.
但是在cl2d_run_001.job里头却是:
#PBS -l nodes=84:ppn=12
提交任务的时候,直接报错。说超出节点总数。

没办法。我现在一般是在Number of MPI processes中写7,然后将cl2d_run_001.py里头的NumberOfMpi改为84.
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