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eman2 参数详解:Raw Data(请各位补充)  

2014-01-08 17:24:41|  分类: EM |  标签: |举报 |字号 订阅

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Raw Data
《1》-Evaluate & Import Micrographs
1 image 原始的图像,可以是dm3,mrc登格式
2.apix:float,A/pixel for S scaling。也有说是pixel size,=(图片尺寸/像素点)。简单说就是当前图片的最高分辨率。
3.voltage: float,Microscope voltage in KV。拍照电压。
4.cs:float,Spherical aberration of microscope。球面像差(球差)。很好理解,球面镜不可能是完美球面,所以focus点会出现偏差(focus shift)(下图1),反映在图片上就是(下图2)
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c6ee55101000abg.html
深入理解球差(Spherical aberration)
eman2 参数详解(请各位补充) - dingding830106 - Wei Ding blog
 
5. ac: float % amplitude contrast (0-100). 振幅衬度。
Amplitude contrast results from variations in mass or thickness or a combination of the two: the thickness variation can produce contrast because the electron interacts with more material (hence, more mass). Alternatively, diffraction can vary locally because the specimen is not a perfect, uniformly thin sheet. (see <Transmission Electron microscopy>)
应该是说由于局部质量或者厚度不均导致的成像光强(透射、散射或者衍射)的变化。

上述这些参数都是实验上可以获知的。
6.box。 box size in grade mode. 注意,这里不是挑颗粒的时候的box大小,而是做进行ctf pre-correct时候的box size。


《2》Import Micrographs
1. micrographs:输入原始图片。
filtering options
2. invert: Inverts the density  图片反色。
3.edgenorm: Output is always normalized, this will set 0 to the circular edge value rather than the overall mean.
边缘归一化。把圆形边缘处设值为0,以次为基准,scale其他点的。
4. xraypixel 如果使用CCD或者DDD detector, 需要进行一个xray-pixel filter. 如果不是,就别选。
5. moverawdata. 把原始图像移到默认的文件夹钟。
6. suffix. filename suffix.文件名后缀。
7. format. Format of the output particles images, should be bdb, img, spi or hdf. 输出的文件格式。






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